公司前身为成立于1972年的内蒙古冶金地质物探队，曾先后隶属于冶金部和有色金属工业总公司。1992年更名为内蒙古自治区有色地质勘查局综合普查队（以下简称综合普查队）。2000年开始属地化管理。2011年注册成立内蒙古有色地质矿业（集团）综合普查有限责任公司，与综合普查队按一套人马两块牌子的模式运行。2019年，公司整合内蒙古有色地质矿业（集团）有限责任公司下属的内蒙古有色地质矿业（集团）物探勘查有限责任公司（以下简称物探公司），形成了在一套人马管理下，以内蒙古有色地质矿业（集团）综合普查有限责任公司为主体，综合普查队和物探公司共3个法人单位一体运行的管理体系。2024年重组后，经过进一步规范职能配置、内设机构和人员编制，共设立12个部室，4个三级公司（两家独立法人、两家非独立法人）。